LU konferenceTemats: "Uz grafiem balstītas metodes biomolekulāro datu modelēšanai".
Darba zinātniskais vadītājs: Dr. sc. comp. Juris Vīksna.
Anotācija:
Biomolekulāro datu analīze un interpretācija ir aktuāls temats bioloģijas un arī citu zinātņu kontekstā, jo tajā iekļaujas vairākas plašākas problēmas, tostarp lieldatu apsaimniekošana un analīze, kā arī ilgtspējīgas zinātnes prakse. Bioloģisko datu kopas kļūst arvien sarežģītākas gan izmēru, gan metodoloģisko variāciju, gan salīdzināmības un savietojamības ziņā, Šajā disertācijā šo problēmu risināšanā pielietota grafu teorija tās bioloģiskajā kontekstā – tīklu bioloģija –, lai analizētu biomolekulārus datus un izstrādātu jaunas metodes to analīzei. Disertācija ir noformēta kā piecu zinātnisku publikāciju krājums, no kurām viena publikācija ir salīdzinoši vecākajā un plašāk pētītajā gēnu regulatoro tīklu modelēšanas jomā, bet atlikušās četras ir veltītas hromatīna mijiedarbību tīklu veidošanai no augstas caurlaides hromatīna konformācijas analīžu datiem, kas ir nesenāka un mazāk pētīta nozare tīklu bioloģijā. Attiecīgi disertācijas tematikai pievienots arī ir īss literatūras apskats par gēnu regulatoro tīklu un hromatīna arhitektūras modelēšanas galvenajiem jēdzieniem, lai sniegtu nepieciešamo kontekstu disertācijas laikā paveiktajam darbam. Iegūtie rezultāti liecina par plašu grafu teorijas pamatu pielietojamību hromatīna arhitektūras modelēšanā, ar zīmīgiem panākumiem gan hromatīna mijiedarbību datu analīzē, gan to interpretācijā. Publikācijās arī demonstrētas vairākas jaunas metodes gēnu regulatoro tīklu un hromatīna mijiedarbību tīklu modelēšanai, kā arī plašāka metožu kopa hromatīna mijiedarbību datu topoloģijas salīdzināšanai ar citām bioloģisko datu kopām.
Recenzenti:
1) Dr. sc. comp. Ģirts Karnītis, Latvijas Universitāte;
2) Dr. sc. comp. Egils Stalidzāns, Rīgas Stradiņa universitāte;
3) Dr. sc. comp. Alvis Brāzma, Eiropas Bioinformātikas institūts, Lielbritānija.
Ar promocijas darbu var iepazīties LU Bibliotēkā, Raiņa bulvārī 19.
Dalība sēdē ar iepriekšēju pieteikšanos, rakstot uz sintija.silina@lu.lv līdz 21. oktobrim.